La búsqueda de Adolf Eichmann fue el caso más famoso y controvertido de Wiesenthal. También fue el que más se asoció con la filatelia. Eichmann, a quien Wiesenthal llamó acertadamente un "asesino de escritorio", planeó y coordinó la deportación masiva de judíos a los campos de concentración. Después de la guerra, desapareció con éxito durante años.
Según Wiesenthal, obtuvo la pista crucial sobre el paradero de Eichmann durante una visita en 1953 a un colega entusiasta de los sellos, un barón austriaco. Después de que los dos hombres revisaron la colección del barón, comenzaron a discutir el destino de los ex nazis. El barón leyó en voz alta una carta de Argentina. "Imagina a quién más vi", decía un pasaje. "Ese canalla de Eichmann que mandaba a los judíos. Vive cerca de Buenos Aires y trabaja para una empresa de agua".
Wiesenthal escribió que compartió esta sorprendente noticia con el consulado israelí local y el Congreso Judío Mundial. De hecho, Eichmann vivía en Argentina, donde el servicio de inteligencia israelí, el Mossad, lo secuestró en 1960. Fue juzgado en Israel, condenado y ejecutado. Años después, surgió una disputa. Wiesenthal sostuvo que su información había ayudado a localizar a Eichmann, pero muchos de los involucrados, incluido el exjefe del Mossad, dijeron que no tuvo nada que ver con el caso.