El Beato Papa Juan XXIII estaba destinado a ser un Papa marcador de posición, un candidato de compromiso aceptable tanto para las facciones conservadoras como para las liberales en el Colegio Cardenalicio porque no 'sacudiría el barco'. Por el contrario, convocó el Concilio Vaticano II (1962-65), que instigó amplias reformas. Una de las últimas emisiones de sellos de su papado fue un juego de ocho de 1962 que conmemoraba la apertura del Concilio.
En muchos sentidos, los otros sellos del reinado de Juan XXIII elaboraron los temas establecidos bajo Pío XII. En particular, la persecución de la iglesia detrás de la Cortina de Hierro siguió ocupando un lugar destacado. Un juego de dos sellos de 1959 muestra al príncipe San Casimiro de Lituania y la catedral de Vilnius, entonces bajo el yugo del régimen soviético. Otras series abordaron el tema de manera más oblicua, a través de referencias a persecuciones históricas; estos incluyen sellos que muestran santos martirizados por el emperador romano Valeriano (1959); la huida de Jesús, María y José a Egipto para escapar del alboroto asesino de Herodes en Judea (1960); y la ejecución de San Pablo bajo el emperador Nerón (1961). El conjunto de 1961 que representa al Papa San León Magno también puede verse como una alegoría del desafío de la Iglesia al comunismo. En 1452, cuando el temible Atila el huno amenazó con invadir Italia, el Papa León salió a su encuentro y salvó a Roma de la destrucción al convencer a Atila de que retrocediera.
