O Beato Papa João XXIII pretendia ser um Papa substituto, um candidato de compromisso aceitável tanto para as facções conservadoras como para as liberais no Colégio dos Cardeais, porque ele não iria “balançar o barco”. Em vez disso, convocou o Concílio Vaticano II (1962-65), que instigou extensas reformas. Uma das últimas emissões de selos do seu papado foi um conjunto de oito selos de 1962, comemorando a abertura do Concílio.
Em muitos aspectos, os outros selos do reinado de João XXIII elaboraram os temas estabelecidos sob Pio XII. Em particular, a perseguição à igreja atrás da Cortina de Ferro continuou a ter um lugar de destaque. Um conjunto de dois selos de 1959 mostra o Príncipe São Casimiro da Lituânia e a Catedral de Vilnius, então sob o jugo do regime soviético. Outras séries abordaram o tema de forma mais indireta, por meio de referências a perseguições históricas; estes incluem selos mostrando santos martirizados pelo imperador romano Valeriano (1959); a fuga de Jesus, Maria e José para o Egito para escapar da violência assassina de Herodes na Judéia (1960); e a execução de São Paulo sob o imperador Nero (1961). O conjunto de 1961 que representa o Papa São Leão Magno também pode ser visto como uma alegoria do desafio da Igreja ao comunismo. Em 1452, quando o temível Átila, o Huno, ameaçou invadir a Itália, o Papa Leão encontrou-se com ele e salvou Roma da destruição, convencendo Átila a voltar atrás.
