Le bienheureux pape Jean XXIII était censé être un pape fictif, un candidat de compromis acceptable à la fois pour les factions conservatrices et libérales du Collège des cardinaux parce qu'il ne « secouerait pas le navire ». Au lieu de cela, il a convoqué le Concile Vatican II (1962-1965), qui a lancé des réformes radicales. L'une des dernières émissions de timbres de sa papauté était une série de huit timbres de 1962 commémorant l'ouverture du Concile.
À bien des égards, les autres timbres du règne de Jean XXIII ont élaboré sur les thèmes établis sous Pie XII. En particulier, la persécution de l'église derrière le rideau de fer a continué à figurer en bonne place. Une série de deux timbres de 1959 montre le prince Saint Casimir de Lituanie et la cathédrale de Vilnius, alors sous le joug du régime soviétique. D'autres séries abordent le sujet de manière plus oblique, à travers des références aux persécutions historiques ; il s'agit notamment de timbres montrant des saints martyrisés par l'empereur romain Valérien (1959) ; la fuite de Jésus, Marie et Joseph en Égypte pour échapper au saccage meurtrier d'Hérode en Judée (1960) ; et l'exécution de saint Paul sous l'empereur Néron (1961). L'ensemble de 1961 représentant le pape saint Léon le Grand peut également être considéré comme une allégorie du défi de l'Église au communisme. En 1452, lorsque le redoutable Attila le Hun menaça d'envahir l'Italie, le pape Léon le rencontra, sauvant Rome de la destruction en convainquant Attila de reculer.
