Na manhã seguinte à eleição presidencial de novembro de 1860, os jornais de todo o país anunciaram o que os cidadãos mais informados já esperavam há algum tempo: Abraham Lincoln, de Illinois, havia prevalecido. Entre o dia da eleição e a posse de Lincoln, quatro meses depois, a Carolina do Sul e seis outros estados do Extremo Sul reuniram-se em convenções separadas e votaram pela retirada da União. Os sete reuniram-se então num Congresso provisório em Montgomery, Alabama, confiscaram propriedades federais nos estados separatistas, redigiram uma Constituição provisória e mobilizaram-se para a guerra. Mais tarde, mais quatro estados juntaram-se a eles.
Lincoln manteve-se firme na sua determinação de preservar uma única União Americana de trinta e três estados. Ele tentou aplacar os estados separatistas no seu discurso inaugural, comprometendo-se a proteger a escravatura onde ela existia então, ao mesmo tempo que declarou a União perpétua e a secessão ilegal. Após o ataque ao Forte Sumter, no porto de Charleston, ele apelou a voluntários para suprimir uma “combinação ilegal demasiado poderosa para ser suprimida no decurso de processos judiciais ordinários”. George Washington fez uma declaração semelhante em 1794, quando enfrentou a Insurreição do Whisky.
Quando a Guerra Civil forçou o fim do serviço postal entre o Norte e o Sul, as empresas expressas transportaram correspondência através das linhas durante quase dois meses. Eles carregavam principalmente cartas comerciais civis. O Departamento de Correios dos EUA ordenou o fim desse tráfego a partir de 26 de agosto de 1861. A partir de então, a correspondência passou a ser enviada via Bandeira de Trégua. Os Estados Unidos impuseram regulamentos especiais para controlar, inibir e atrasar o correio civil e as cartas através das linhas para os prisioneiros do outro lado. Os mesmos requisitos de envelope interno e externo aplicados à correspondência prisional foram exigidos para toda a correspondência. A correspondência só poderia cruzar as linhas em pontos de troca específicos. A correspondência Norte-Sul passou por City Point, Virgínia, e a correspondência Sul-Norte passou por Fortress Monroe, Virgínia.
As fortes emoções estimuladas pelas questões e acontecimentos atuais da Guerra Civil encontraram expressão na forma de papelaria ilustrada. Embora os envelopes da União com ilustrações patrióticas tenham surgido antes do início das hostilidades, o papel timbrado confederado transmitiu rapidamente uma variedade de envelopes com imagens de bandeiras, canhões, líderes, soldados e outros temas de guerra.
Os Estados Unidos não quiseram reconhecer inadvertidamente a legitimidade dos Estados Confederados, por isso recusaram-se inicialmente a estabelecer directrizes formais para a troca de correio ou de prisioneiros. Em 22 de julho de 1862, as partes beligerantes assinaram um acordo de troca de prisioneiros. Isto não só criou um mecanismo formal para a troca de prisioneiros e correio através da bandeira de trégua, mas teve o efeito adicional de esvaziar as prisões em Setembro de 1862. No entanto, a crescente desconfiança na Confederação fez com que os EUA abandonassem as prisões unilateralmente. deteve a maioria dos prisioneiros. trocas em junho de 1863, e a população carcerária começou a disparar. Consequentemente, as trocas regulares de correspondência com bandeiras de trégua foram retomadas de julho de 1863 até o fim da guerra. O ponto de troca mais comum era Old Point Comfort, na Virgínia, embora também houvesse muitos outros pontos de troca durante a guerra.
Os regulamentos exigiam que uma carta de bandeira de trégua fosse colocada em um envelope interno não lacrado e enviada em um envelope externo com postagem paga ao ponto de troca. No ponto de troca, o envelope externo foi descartado e a carta examinada pelas autoridades militares. A entrega do ponto de troca até o destino exige postagem do outro lado. Se o remetente não tivesse anexado os selos postais exigidos ao envelope interno, as moedas poderiam ser anexadas ou incluídas no envelope externo para pagar antecipadamente a postagem até o destino no envelope interno. Como foram tratados apenas pelo sistema postal do destinatário, esses envelopes internos mostram apenas selos e marcas postais do lado destinatário.
Em muitos casos, os correspondentes não observaram a regra dos dois envelopes. Felizmente, também era possível ter postagem de ambos os lados em um único envelope se o remetente tivesse acesso aos selos postais do outro lado ou se o lado destinatário permitisse uma taxa de postagem pela sua parcela da postagem. Envelopes com selos postais dos EUA e da Confederação são especialmente apreciados pelos colecionadores.
Geralmente, um envelope de prisioneiro de guerra pode ser atribuído a uma prisão específica por meio de um carimbo postal da cidade próxima na correspondência enviada ou pelo endereço na correspondência recebida. No caso de envelopes internos, a correspondência enviada só pode ser atribuída a uma determinada prisão pelo conteúdo da carta ou pelos registos de serviço do correspondente prisioneiro de guerra. As marcas examinadas também podem ser usadas para identificar uma prisão específica.
Em geral, as cartas endereçadas às prisões são muito mais raras do que as cartas das prisões. Como as prisões confederadas aparentemente limitavam a quantidade de correspondência permitida, a correspondência das prisões confederadas é muito mais rara do que a correspondência das prisões da União.
As opiniões de Lincoln sobre a escravidão evoluíram ao longo do tempo. Na sua posse e durante o primeiro ano da guerra, ele procurou controlar os "radicais" no Congresso, principalmente para apaziguar os estados escravistas fronteiriços, como Kentucky e Missouri, que poderiam aderir à Confederação. Ele também anulou ordens de seus generais em campo em favor da emancipação, insistindo que a questão era política e seria decidida pelo presidente e pelo Congresso. Lincoln decidiu adotar um programa de emancipação compensada no início de 1862 e, em setembro daquele ano, emitiu uma declaração declarando que se os estados rebeldes não retornassem à União dentro de cem dias, ele declararia a emancipação em 1º de janeiro de 1863. A intransigência sulista levou à Proclamação de Emancipação naquele dia. A abolição da escravatura tornou-se um objectivo de guerra explícito endossado pelo partido de Lincoln na campanha presidencial de 1864 e alcançado no campo de batalha no final da guerra.
Após seu discurso inaugural e aceitando a realidade de uma guerra iminente, Lincoln agiu para solidificar a estrutura de comando do Exército dos Estados Unidos. Ele primeiro ofereceu liderança a Robert E. Lee, da Virgínia. Caso contrário, ele recorreu ao General Winfield Scott, herói da Guerra Mexicano-Americana e atual comandante das forças dos Estados Unidos.
O General Scott serviu apenas brevemente. Ele renunciou em julho, em parte por causa de sua idade (completou 70 anos em 1861) e também por causa de sua avaliação otimista dos enormes custos da guerra iminente. Lincoln então substituiu Scott pelo general George B. McClellan da Pensilvânia, o segundo de uma série de generais que não conseguiram ganhar a confiança de Lincoln. Somente em 1864 Lincoln encontrou o general que procurava. Ulysses S. Grant, de Illinois, acabou se revelando o general que Lincoln queria. Ele e um exército da União muito maior do que Lincoln imaginou inicialmente prevaleceram sobre os rebeldes. A guerra culminou com a rendição de Lee a Grant no Tribunal de Appomattox.
Após a rendição de Lee, Lincoln concentrou-se na questão da Reconstrução. No entanto, os seus planos para uma reintegração rápida e pacífica dos estados do Sul na União morreram com o seu assassinato no Ford's Theatre em Washington D.C. Tendo preservado a União, o fardo de garantir a paz recaiu sobre os ombros do seu sucessor, Andrew Johnson.